La planta superior del Museo está dedicada a la mineralogía de Cataluña y es un espacio único para estudiar la evolución de la minería catalana. Podemos contemplar ejemplares de las diferentes explotaciones mineras del país y de los afloramientos naturales: ejemplares de las minas de sal de Cardona, las fluoritas del Papiol, magníficos ejemplares de aragonita, la diversidad de minerales de la zona del Priorat. Es un espacio también muy interesante para descubrir el vulcanismo.

El vulcanismo es el fenómeno geológico que consiste en la erupción de material rocoso fundido (magma) en la superficie de la Tierra.

En Cataluña, de erupciones volcánicas hay habidas siempre. El plegamiento herciniano ocasionó el levantamiento de los Pirineos y el tercio septentrional del Sistema Mediterráneo Catalán, que fue acompañado de intensas erupciones que no han dejado rastro directo en el relieve actual, pero que han llenado estas cordilleras de materiales eruptivos (granitos y diques porfídico) y metamórficos (pizarras).

Podemos distinguir cuatro regiones:

1. Primeramente, la de Olot, con una cuarentena de cráteres bien conservados, caso único en la Península Ibérica;
2. En segundo lugar, la de las comarcas vecinas: en la Selva el pitón de Hostalric, los afloramientos basálticos de Blanes y de Tordera (ya dentro del Maresme), los pequeños afloramientos, recubiertos en parte por depósitos pliocénicos, de Vidreres, Maçanet y Caldes de Malavella, y las fuentes picantes de Caldes mismo, Amer y el Empordà, las erupciones como más recientes del Mioceno (restos de un volcán en Albons) y afloramientos en Cadaqués, Sant Martí Vell, Corçà, Parlavà y Rupià, lavas en Garrigàs y Vilamacolum, y manantiales picantes en Santa Cristina de Aro; el Gironès una bandada de manantiales borde Girona, Madremanya, Celrà, Llagostera, etc;
3. En tercer lugar, la pretendida región volcánica del Ebro, que, mientras no se confirmen los afloramientos de Tortosa y de Calpe (Marina Baja), queda reducida al magnífico pitón basáltico de Cofrentes, coronado por un castillo;
4. Y, finalmente, el vulcanismo submarino cercano al talud de la plataforma continental: su manifestación evidente son los Columbretes; han aparecido nuevos indicios en los sondeos petroleros llamados Amposta, y en Castellón de la Plana, algunos de los cuales han sido abandonados precipitadamente porque se sospecha la presencia, por las temperaturas, de volcanes en formación.