La planta superior del Museu està dedicada a la mineralogia de Catalunya i és un espai únic per estudiar l’evolució de la mineria catalana. Podem contemplar exemplars de les diferents explotacions mineres del país i dels afloraments naturals: exemplars de les mines de sal de Cardona, les fluorites del Papiol, magnífics exemplars d’aragonita, la diversitat de minerals de la zona del Priorat. És un espai també molt interessant per descobrir el vulcanisme.

El vulcanisme és el fenomen geològic que consisteix en l’erupció de material rocallós fos (magma) a la superfície de la Terra.

A Catalunya, d’erupcions volcàniques n'hi ha hagudes sempre. El plegament hercinià va ocasionar l’aixecament dels Pirineus i el terç septentrional del Sistema Mediterrani Català, que va anar acompanyat d’intenses erupcions que no han deixat rastre directe en el relleu actual, però que han omplert aquestes serralades de materials eruptius (granits i dics porfídics) i metamòrfics (llicorelles).

Podem distingir-hi quatre regions:

1. Primerament, la d’Olot, amb una quarantena de cràters ben conservats, cas únic a la península Ibèrica;
2. En segon lloc, la de les comarques veïnes: a la Selva el banyó d’Hostalric, els afloraments basàltics de Blanes i de Tordera (ja dins el Maresme), els petits afloraments, recoberts en part per dipòsits pliocènics, de Vidreres, Maçanet i Caldes de Malavella, i les fonts picants de Caldes mateix, Amer i l’Empordà, les erupcions com a més recents del Miocè (restes d’un volcà a Albons) i afloraments a Cadaqués, Sant Martí Vell, Corçà, Parlavà i Rupià, laves a Garrigàs i a Vilamacolum, i deus picants a Santa Cristina d’Aro; al Gironès un estol de deus vora Girona, Madremanya, Celrà, Llagostera, etc;
3. En tercer lloc, la pretesa regió volcànica de l’Ebre, que, mentre no es confirmin els afloraments de Tortosa i de Calp (Marina Baixa), resta reduïda al magnífic banyó basàltic de Cofrents, coronat per un castell;
4. I, finalment, el vulcanisme submarí proper al talús de la plataforma continental: la seva manifestació evident són els Columbrets; n'han aparegut nous indicis en els sondeigs petroliers anomenats Amposta, i a Castelló de la Plana, alguns dels quals han estat abandonats precipitadament perquè hom sospita la presència, per les temperatures, de volcans en formació.